[合集]谁手上有去同源的蛋白质序列库    

发信人: palomino (~快马加鞭~), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]谁手上有去同源的蛋白质序列库
发信站: 北大未名站 (2003年05月16日13:37:56 星期五), 转信

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  谁手上有去同源的蛋白质序列库                                           
时间  北大未名站 (2003年05月14日17:18:30 星期三), 转信                       
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比如把swissport或者nr库去同源后的序列库?

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 谁手上有去同源的蛋白质序列库                                       
时间  北大未名站 (2003年05月14日20:14:31 星期三), 转信                       
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呵呵，这个我很感兴趣。我也想要。
比如把swissport或者nr库去同源后的序列库?

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作者  kokolu (祈祷), 信区: Bioinformatics                                    
标题  Re: 谁手上有去同源的蛋白质序列库                                       
时间  北大未名站 (2003年05月15日22:31:19 星期四), 转信                       
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倒是pdb有一个去冗余的pdbselect
而且你这里笼统的说去同源，也没有给出一个具体的指标啊
25%,  30%?  40% .......

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 谁手上有去同源的蛋白质序列库                                       
时间  北大未名站 (2003年05月15日22:39:44 星期四), 转信                       
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pdb里面东西就多了, scop/dali这些都可以用了
无所谓了, 做这个库的人自然会给一个他的cutoff, 自己看看是否
合适就行了, 从头建的话计算量so大呀

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 谁手上有去同源的蛋白质序列库                                       
时间  北大未名站 (2003年05月15日22:49:59 星期四), 转信                       
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lazy，有人跟你较真了，哈哈，高兴。其实各种方法使用不一的。
假如我有个蛋白，有个点突变，导致功能丧失，我想，没有那个程序，
敢确保自己能算对。
我看了一下rossetta（十几篇吧），其实也就是说，给你五个可能的
结构，其中有一个，大概还能凑合着看看。就这意思。真正做结构的，
还没有谁敢用模拟的结构，不加实验就发文章的，在说，pdb也不理呀

pdb里面东西就多了, scop/dali这些都可以用了
无所谓了, 做这个库的人自然会给一个他的cutoff, 自己看看是否
合适就行了, 从头建的话计算量so大呀

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作者  lazy (draughts), 信区: Bioinformatics                                  
标题  Re: 谁手上有去同源的蛋白质序列库                                       
时间  北大未名站 (2003年05月15日23:33:43 星期四), 转信                       
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那是另外一个问题了, 从序列到结构再到功能, 千万不要以为有来结构
就有来一切
本来就是呀, 现在的稍微好一点的杂志也不收一点实验都没有的计算, 当
然除非是实验做不了的东西.

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作者  lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics                                 
标题  Re: 谁手上有去同源的蛋白质序列库                                       
时间  北大未名站 (2003年05月16日10:19:27 星期五), 转信                       
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也有的，比如裸blast的结果，nature genetics也照收不误，看做
什么了。比方说，你找一下6、7个genome里的拼接异构体，估计计算
也就是一周，不过不知道要是做实验，得做到哪辈子了

那是另外一个问题了, 从序列到结构再到功能, 千万不要以为有来结构
就有来一切
本来就是呀, 现在的稍微好一点的杂志也不收一点实验都没有的计算, 当
然除非是实验做不了的东西.