[合集]憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点?

发信人: kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊
发信站: 北大未名站 (2003年11月23日10:35:46 星期天), 转信

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                      
时间  北大未名站 (2003年10月31日17:45:07 星期五) , 站内信件                  
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About Gap penalties:
1.Show that the probility distributions f(g)<we assume that the probility of
a gap occurring at a particular site in a given sequence is the product of a
function f(g) of the length of the gap.and the combined probility of the set
of inserted residues:P(gap)=f(g)*q1*q2*...> that correspond to the linear and
affine gap schemes give as below:(1)and(2)
<R(g)=-gd........(1)
R(g)=-d-(g-1)e...(2);
where 'd' is called the gay-open penalty and 'e' is called gap-extension pena
lty,'g' is the length of the gap.>
are both geometric distributions of the form,of the form f(g)=k*exp(-入g).

2.Typical gay penalties used in practice are d=8,for the linear case,or d=12,
e=2 for the affine case,both expressed in half bits.A bit is the unit obtaine
d when one takes log base 2 of a probility,so ,in nature log unit these corre
spond to d=(8log2)/2 and d=(12log2)/2,e=(2log2)/2.what rare the corresponding
probilities of a gap(of any length) starting at some position,and the distri
bution of gap length given that there is a gap?

打完鸟语了,开始说人话了:第一个题目服从几何分布怎么证啊,有点不明白.
第2个题目到底是自然对数还是以2为底的对数啊,偶鲁钝的很,题目都没有看明白,大侠把
题目用白话文说给偶听听吧,教我怎么做啊??

还有个很弱智的问题,序列比对(alignment)到底做什么,书上总是说什么什么寻找相似性
,序列相似那么结构就可能相似然后功能就相似,还有的说找有没有亲缘关系.可是我就有
点搞不懂,既然是测出来的序列,凭什么在两个序列不能对齐的时候我们就能对他们插啊删
啊的,有点太主观了吧,还有明明两个不一样长的序列干吗就硬要对齐呢,而且alignment都
是要在寻求最优的方案,我就不明白,这个两个序列到底怎么个相似是客观的啊,你拼命去
寻优有什么用么?太武断了吧
呵呵,诸位别laugh at我啊,快来解答解答~~:)
不要用E文啊,看了一天e文的book,脑壳都大了.

多谢了!!!

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作者  kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日17:57:14 星期五), 站内信件                   
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对于蛋白质，你知道蛋白质家族么？

一个家族里面的蛋白序列是非常相似的。你挑几条来看看，权当学习。
至于比对插入，删除之类完全是为了模仿天然的蛋白质的突变。

把几个类似的蛋白质放在一起，观察其序列，功能，进化。我想你的疑惑会少一些，也许
问题会更多一些。。。

【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: About Gap penalties:
: 1.Show that the probility distributions f(g)<we assume that the probility of
: a gap occurring at a particular site in a given sequence is the product of a
: function f(g) of the length of the gap.and the combined probility of the set
: of inserted residues:P(gap)=f(g)*q1*q2*...> that correspond to the linear and
:  affine gap schemes give as below:(1)and(2)
: <R(g)=-gd........(1)
: R(g)=-d-(g-1)e...(2);
: where 'd' is called the gay-open penalty and 'e' is called gap-extension pena
: lty,'g' is the length of the gap.>
: ...........................

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:09:06 星期五) , 站内信件                  
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可以说详细点么,拜托了,老兄,不然我今晚要失眠了

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:14:05 星期五) , 站内信件                  
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还有,为什么要插删啊,不对齐其实也可以比较的,最搞不懂的是为什么一定要去找使评分
函数取最优的比对方式,这个会不会太理想化了,与实际相差的很大
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 可以说详细点么,拜托了,老兄,不然我今晚要失眠了

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作者  lylover (裸搞perl&轻吻cinderella), 信区: Bioinformatics                
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:16:40 星期五), 转信                       
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no,no,no,这是根据实际来的。

【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
还有,为什么要插删啊,不对齐其实也可以比较的,最搞不懂的是为什么一定要去找使评分
函数取最优的比对方式,这个会不会太理想化了,与实际相差的很大
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 可以说详细点么,拜托了,老兄,不然我今晚要失眠了

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:18:41 星期五), 转信                       
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because u want to allow the possibility of indel ( insertion/deletion)
mutations during evolution
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 还有,为什么要插删啊,不对齐其实也可以比较的,最搞不懂的是为什么一定要去找使评分
: 函数取最优的比对方式,这个会不会太理想化了,与实际相差的很大

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:21:50 星期五) , 站内信件                  
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那为什么要使评分函数取最优呢,最优就说明这样的排列最相似对不对?可是这样的排列是
我们自己设计出来的啊,不能反应真实的情况吧?

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:24:51 星期五), 转信                       
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you can think it is the most likely alignment

【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 那为什么要使评分函数取最优呢,最优就说明这样的排列最相似对不对?可是这样的排列是
: 我们自己设计出来的啊,不能反应真实的情况吧?

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:27:03 星期五) , 站内信件                  
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哦?给个理由先:)
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: you can think it is the most likely alignment

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作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:28:31 星期五), 转信                       
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看那本biological sequence analyses去吧
我撤了

【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 哦?给个理由先:)

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日18:31:29 星期五) , 站内信件                  
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就是在看那本看出来这么多的问题,hoho,你不回答偶偶晚上要失眠 啊,你忍心啊,hoho,有
点不人道啊
【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: 看那本biological sequence analyses去吧
: 我撤了

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日19:51:36 星期五) , 站内信件                  
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你说得没错。
最优只是在我们给定的评分规则下面最优。
也就是说相似也只是在我们给定的量度下最相似。
这种东西如果没有生物方面的严格理论的支持，就仅仅是尝试，或者是猜测，或者说得难
听点就是瞎蒙。
问题归结为：为什么要选这一种打分方式而不是那一种。
这只有生物学才能说清。
数学的算法只管解决给定打分方式以后的事情。
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 就是在看那本看出来这么多的问题,hoho,你不回答偶偶晚上要失眠 啊,你忍心啊,hoho,有
: 点不人道啊

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:02:54 星期五) , 站内信件                  
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不过像生物信息学这种东西，瞎蒙的不在少数。
蒙的好就成了好的方法了。那个什么HMM，我真的不知道有什么生物的理论支持。
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 你说得没错。
: 最优只是在我们给定的评分规则下面最优。
: 也就是说相似也只是在我们给定的量度下最相似。
: 这种东西如果没有生物方面的严格理论的支持，就仅仅是尝试，或者是猜测，或者说得难
: 听点就是瞎蒙。
: 问题归结为：为什么要选这一种打分方式而不是那一种。
: 这只有生物学才能说清。
: 数学的算法只管解决给定打分方式以后的事情。

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:05:46 星期五) , 站内信件                  
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新兴科学么。大家都不知道该怎么做。。。
邓爷爷说的好：摸着石头过河。。。。
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 不过像生物信息学这种东西，瞎蒙的不在少数。
: 蒙的好就成了好的方法了。那个什么HMM，我真的不知道有什么生物的理论支持。

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作者  lylover (裸搞perl&轻吻cinderella), 信区: Bioinformatics                
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:23:19 星期五), 转信                       
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ft, ROSSETTA指责的人更多！什么没有明显的生物学的意义啦，。。这已经是很轻微的批
评了。可是人家就是好，没脾气了吧？

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
不过像生物信息学这种东西，瞎蒙的不在少数。
蒙的好就成了好的方法了。那个什么HMM，我真的不知道有什么生物的理论支持。
【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 你说得没错。
: 最优只是在我们给定的评分规则下面最优。
: 也就是说相似也只是在我们给定的量度下最相似。
: 这种东西如果没有生物方面的严格理论的支持，就仅仅是尝试，或者是猜测，或者说得难
: 听点就是瞎蒙。
: 问题归结为：为什么要选这一种打分方式而不是那一种。
: 这只有生物学才能说清。
: 数学的算法只管解决给定打分方式以后的事情。

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:33:18 星期五) , 站内信件                  
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这种方法的好处在于：我们可以在不知道原理的情况下得到相对较好的结果。
然而，如何说明这种方法是在接近事实而不是在把大家引入歧途？
做理论的东西，没有原则上理论的支持，只能叫做尝试吧。。
btw:我不反对尝试，但是我希望不要过分热衷于尝试。
【 在 lylover (裸搞perl&轻吻cinderella) 的大作中提到: 】
: ft, ROSSETTA指责的人更多！什么没有明显的生物学的意义啦，。。这已经是很轻微的批
: 评了。可是人家就是好，没脾气了吧？
: 不过像生物信息学这种东西，瞎蒙的不在少数。
: 蒙的好就成了好的方法了。那个什么HMM，我真的不知道有什么生物的理论支持。

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:41:21 星期五) , 站内信件                  
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谢谢老大啊,呵呵,茅塞开了,呵呵,只是还有点不解,想找一种顿悟的感觉,否则...hoho,偶
也要到国外去杀人去了,然后在回来卧轨

BTW,偶上面的题目说给偶说说啊,偶刚刚洗澡的时候还在想就是不懂!!!

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:42:59 星期五) , 站内信件                  
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sorry，我对英文的东西和作题目两件事情深恶痛绝，更别提英文题目了。
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 谢谢老大啊,呵呵,茅塞开了,呵呵,只是还有点不解,想找一种顿悟的感觉,否则...hoho,偶
: 也要到国外去杀人去了,然后在回来卧轨
: BTW,偶上面的题目说给偶说说啊,偶刚刚洗澡的时候还在想就是不懂!!!

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:44:38 星期五) , 站内信件                  
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偶也是,可恨这本书居然是老外写的!!!写也就罢了居然不用中文写!

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:46:39 星期五) , 站内信件                  
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赫赫赫
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 偶也是,可恨这本书居然是老外写的!!!写也就罢了居然不用中文写!

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日20:56:51 星期五) , 站内信件                  
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你老努力看看E文吧,帮偶看一下这个题目,不然真的失眠偶来找你哈

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:05:28 星期五) , 站内信件                  
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看不懂。。。
E文水平太次了。
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 你老努力看看E文吧,帮偶看一下这个题目,不然真的失眠偶来找你哈

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作者  lylover (裸搞perl&轻吻cinderella), 信区: Bioinformatics                
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:11:43 星期五), 转信                       
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ft,网上关于EM的中文介绍一坨。。。

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
看不懂。。。
E文水平太次了。
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 你老努力看看E文吧,帮偶看一下这个题目,不然真的失眠偶来找你哈

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:14:33 星期五) , 站内信件                  
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弱弱地问一下EM是啥子?
【 在 lylover (裸搞perl&轻吻cinderella) 的大作中提到: 】
: ft,网上关于EM的中文介绍一坨。。。
: 看不懂。。。
: E文水平太次了。

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:14:39 星期五) , 站内信件                  
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google?
百度？
【 在 lylover (裸搞perl&轻吻cinderella) 的大作中提到: 】
: ft,网上关于EM的中文介绍一坨。。。
: 看不懂。。。
: E文水平太次了。

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作者  lylover (裸搞perl&轻吻cinderella), 信区: Bioinformatics                
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:16:51 星期五), 转信                       
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显然阿，一天google五百次，没了google就百度，打死也不用yahoo.

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
google?
百度？
【 在 lylover (裸搞perl&轻吻cinderella) 的大作中提到: 】
: ft,网上关于EM的中文介绍一坨。。。
: 看不懂。。。
: E文水平太次了。

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作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:17:03 星期五), 转信                       
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最大似然？
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 弱弱地问一下EM是啥子?

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作者  lylover (裸搞perl&轻吻cinderella), 信区: Bioinformatics                
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:17:38 星期五), 转信                       
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你看看，专家来了。。。
sigh...我只是感兴趣一下啦。

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
最大似然？
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 弱弱地问一下EM是啥子?

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:17:48 星期五) , 站内信件                  
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一种已知一个随机变量X的若干样本，求其似然函数的最大值的迭代算法。
由于分为E步（求期望，Expection)和M步（求最大Maximum）而得名。
其基本想法和Newton得最速下降法很像。
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 弱弱地问一下EM是啥子?

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:24:30 星期五) , 站内信件                  
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呵呵,多谢多谢了!!!

学校好象把google屏蔽啦,连不上了,有学长知道IP地址么?

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:28:27 星期五), 转信                       
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前一段时间MCMC，现在又来EM了。。。

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
: 一种已知一个随机变量X的若干样本，求其似然函数的最大值的迭代算法。
: 由于分为E步（求期望，Expection)和M步（求最大Maximum）而得名。
: 其基本想法和Newton得最速下降法很像。

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:29:28 星期五) , 站内信件                  
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!这太不像话了！
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 呵呵,多谢多谢了!!!
: 学校好象把google屏蔽啦,连不上了,有学长知道IP地址么?

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:30:24 星期五) , 站内信件                  
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类似吧
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 前一段时间MCMC，现在又来EM了。。。

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作者  lylover (裸搞perl&轻吻cinderella), 信区: Bioinformatics                
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:32:42 星期五), 转信                       
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没听说啊。磕打屏蔽google么？

【 在 BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖) 的大作中提到: 】
!这太不像话了！
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 呵呵,多谢多谢了!!!
: 学校好象把google屏蔽啦,连不上了,有学长知道IP地址么?

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作者  Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics               
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:36:04 星期五), 转信                       
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我有一个秘诀啦，呵呵。google的众多IP当然是必备的，我已经写到本地DNS解析里面了

如果是在别人的机器上，那么一下地址可以试试
google。com。hk
google。com。sg
google。com。kr
。。。。
。。。。

一般肯定有一个能上，那就ok了

【 在 lylover (裸搞perl&轻吻cinderella) 的大作中提到: 】
: 没听说啊。磕打屏蔽google么？
: !这太不像话了！

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:38:40 星期五) , 站内信件                  
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是啊,现在GOOGLE已经上不了了,hehe ,东区23系也不好上,会不会和西安那边抗日有关系
哦
【 在 lylover (裸搞perl&轻吻cinderella) 的大作中提到: 】
: 没听说啊。磕打屏蔽google么？
: !这太不像话了！

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作者  BillSmith (睡觉教主//花心的胖胖), 信区: Bioinformatics                 
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:44:29 星期五) , 站内信件                  
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咣当！！！
西安事变！
【 在 chest (一只袖子短，一只袖子长) 的大作中提到: 】
: 是啊,现在GOOGLE已经上不了了,hehe ,东区23系也不好上,会不会和西安那边抗日有关系
: 哦

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:44:39 星期五) , 站内信件                  
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216.239.41.99,只记这个就行了吧?

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作者  chest (一只袖子短，一只袖子长), 信区: Bioinformatics                   
标题  Re: 憋了一箩筐问题来问,帮忙指点指点啊                                  
时间  北大未名站 (2003年10月31日21:47:11 星期五) , 站内信件                  
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惟恐天下不乱,hoho,偶要在科大 声援西大了,可是科大偶感觉还是黑人多的多