[合集]怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id?

发信人: kingsyl (苦学中，勿扰！-_-~谢谢), 信区: Bioinformatics
标  题: [合集]怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑?
发信站: 北大未名站 (2003年11月23日10:09:46 星期天), 转信

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                              
时间  北大未名站 (2003年11月22日13:52:51 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
用membrance protein作为关键词search出来的里面有很多
只是与膜蛋白相关的，一个个眼睛看太伤身体啦
哪位指点一下？
3xs!

───────────────────────────────────────
作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日14:20:12 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
i am wondering if PDB has map to SwissProt
if so, you can pick up PDB entries based onSwissProt TRANSMEM annotation

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 用membrance protein作为关键词search出来的里面有很多
: 只是与膜蛋白相关的，一个个眼睛看太伤身体啦
: 哪位指点一下？
: 3xs!

───────────────────────────────────────
作者  pkpk (我不是水车), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日17:48:51 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
可是sp里面好多东东没有结构

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: i am wondering if PDB has map to SwissProt
: if so, you can pick up PDB entries based onSwissProt TRANSMEM annotation

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日18:05:45 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
【 在 pkpk (我不是水车) 的大作中提到: 】
: 标  题: Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？
: 发信站: 北大未名站 (2003年11月22日17:48:51 星期六), 转信
:
: 可是sp里面好多东东没有结构
他说了指pdb map to sp
:
: 【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: : i am wondering if PDB has map to SwissProt
: : if so, you can pick up PDB entries based onSwissProt TRANSMEM annotation
:
:
: --
: 平平凡凡
:

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日18:18:25 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
办法是个好办法，不过outer membrane protein 没有transmem啊

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: i am wondering if PDB has map to SwissProt
: if so, you can pick up PDB entries based onSwissProt TRANSMEM annotation

───────────────────────────────────────
作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日18:25:50 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
what do you mean? i don't quite understand...
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 办法是个好办法，不过outer membrane protein 没有transmem啊

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日18:44:05 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
我是说膜蛋白分为外周膜蛋白和嵌入膜蛋白两类，后者肯定是有穿膜螺旋，
所以swissprot里面的对应entry应该会注释出TRANSMEM

但是外周膜蛋白好像没有穿膜螺旋了吧？所以swissprot里面的相应entry应该
就没有TRANSMEM的feature注释了呀。

so，你的这种方法就没有找出外周膜蛋白了呀……

【 在 yix (Punk) 的大作中提到: 】
: what do you mean? i don't quite understand...

───────────────────────────────────────
作者  Auction (御风而行), 信区: Bioinformatics                               
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日18:54:54 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
不用transmem
在Subcellular Location里面有membrane就可以了吧。

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 我是说膜蛋白分为外周膜蛋白和嵌入膜蛋白两类，后者肯定是有穿膜螺旋，
: 所以swissprot里面的对应entry应该会注释出TRANSMEM
: 但是外周膜蛋白好像没有穿膜螺旋了吧？所以swissprot里面的相应entry应该
: 就没有TRANSMEM的feature注释了呀。
: so，你的这种方法就没有找出外周膜蛋白了呀……

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日23:06:23 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
这个这个……当然具体我还没有看，但是不晓得定位在线粒体膜和叶绿体膜上的
会是什么样子的annotation?  嗯， 瞧瞧去……

【 在 Auction (御风而行) 的大作中提到: 】
: 不用transmem
: 在Subcellular Location里面有membrane就可以了吧。

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日23:07:25 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
我自己还发现了一个似乎可行的方法：
有一个网址叫做 pdb_at_a_glance ，里面有总结

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 用membrance protein作为关键词search出来的里面有很多
: 只是与膜蛋白相关的，一个个眼睛看太伤身体啦
: 哪位指点一下？
: 3xs!

───────────────────────────────────────
作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日23:41:27 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
还有N多专门的网页，比如：

http://www.mpibp-frankfurt.mpg.de/michel/public/memprotstruct.html

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 我自己还发现了一个似乎可行的方法：
: 有一个网址叫做 pdb_at_a_glance ，里面有总结

───────────────────────────────────────
作者  yix (Punk), 信区: Bioinformatics                                       
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月22日23:58:28 星期六), 转信                       
───────────────────────────────────────
yeah
this is a good point
i don't really think there are a long list of membrane proteins
in PDBwith solved complete structure

most of the 'membrane protein' in PDB might just be the extracelluar (
or intracellular ) fragment of a membrane protein that is much easier
to crystallize

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 还有N多专门的网页，比如：
: http://www.mpibp-frankfurt.mpg.de/michel/public/memprotstruct.html

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月23日00:10:58 星期天), 转信                       
───────────────────────────────────────
大仙出手就是不一样啊~~我瞧瞧去

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 还有N多专门的网页，比如：
: http://www.mpibp-frankfurt.mpg.de/michel/public/memprotstruct.html

───────────────────────────────────────
作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月23日00:22:48 星期天), 转信                       
───────────────────────────────────────
FT！
你就不能说点好听的？？

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 大仙出手就是不一样啊~~我瞧瞧去

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月23日00:24:28 星期天), 转信                       
───────────────────────────────────────
这个不完备，至少1jei就没有
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 我自己还发现了一个似乎可行的方法：
: 有一个网址叫做 pdb_at_a_glance ，里面有总结

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月23日00:27:14 星期天), 转信                       
───────────────────────────────────────
你这个也没有1jei 呵呵，这个是一个核膜上面的蛋白

用pdb 链接到swissprot倒是可以考虑，用transmembrane 和 membrane 在特定
的域里面进行扫描……

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 还有N多专门的网页，比如：
: http://www.mpibp-frankfurt.mpg.de/michel/public/memprotstruct.html

───────────────────────────────────────
作者  kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics                                
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月23日00:28:02 星期天), 转信                       
───────────────────────────────────────
这个~~我觉得是蛮不错的称呼啊
【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: FT！
: 你就不能说点好听的？？

───────────────────────────────────────
作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月23日00:38:24 星期天), 转信                       
───────────────────────────────────────
en，这里头都是x－ray解出来的，没有包括NMR的

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 你这个也没有1jei 呵呵，这个是一个核膜上面的蛋白
: 用pdb 链接到swissprot倒是可以考虑，用transmembrane 和 membrane 在特定
: 的域里面进行扫描……

───────────────────────────────────────
作者  Feynman (十万个为什么), 信区: Bioinformatics                           
标题  Re: 怎样从pdb里面把所以的膜蛋白的id挑出来呢？                          
时间  北大未名站 (2003年11月23日00:46:03 星期天), 转信                       
───────────────────────────────────────
仔细看了一下，这还只是一个fragment。。。

【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
你这个也没有1jei 呵呵，这个是一个核膜上面的蛋白

用pdb 链接到swissprot倒是可以考虑，用transmembrane 和 membrane 在特定
的域里面进行扫描……

【 在 Feynman (十万个为什么) 的大作中提到: 】
: 还有N多专门的网页，比如：
: http://www.mpibp-frankfurt.mpg.de/michel/public/memprotstruct.html