[合集]请哪位稍微给评价比较一下这么几个
发信人: kingsyl (Molecular Machine To Be Studied), 信区: Bioinformatics
标 题: [合集]请哪位稍微给评价比较一下这么几个
发信站: 北大未名站 (2004年03月21日20:31:06 星期天), 站内信件
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:01:38 星期天), 转信
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基本都是和结构与分子建模相关的，这个方面基本没什么认识，有碰过的朋友就随便聊两
句，心得感想，更欢迎推荐一些比较浅显基础的文献，呵呵。决不涉及PJ问题，这些基本
都是commercial software，请列位看官不要向发文的朋友提出不太合理的要求，其实多
数在主页上都有试用版，足够了。
Materials Studio， ChemOffic， Hyperchem， BioMedCAChe， Tinker，
Modeller， DS Modeling， Gaussian。。。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:06:05 星期天), 转信
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这些我好像都没用过, 只知道Modeller是同源模建最好的软件, Tinker是一个分子动力学
软件, 不过用的也不太广泛.
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 基本都是和结构与分子建模相关的，这个方面基本没什么认识，有碰过的朋友就随便聊两
: 句，心得感想，更欢迎推荐一些比较浅显基础的文献，呵呵。决不涉及PJ问题，这些基本
: 都是commercial software，请列位看官不要向发文的朋友提出不太合理的要求，其实多
: 数在主页上都有试用版，足够了。
: Materials Studio， ChemOffic， Hyperchem， BioMedCAChe， Tinker，
: Modeller， DS Modeling， Gaussian。。。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:21:32 星期天), 转信
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见过（没看过）不少用Tinker发的paper，因为毕竟是免费的嘛，据说功能全面也很权威
，但是好像说计算时只能将分子作为一个整体来运算，那自然要限制它的运用了。
modeller是不是就是Insight II里面的那个Homology module呀？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 这些我好像都没用过, 只知道Modeller是同源模建最好的软件, Tinker是一个分子动力学
: 软件, 不过用的也不太广泛.
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:32:39 星期天), 转信
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【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 见过（没看过）不少用Tinker发的paper，因为毕竟是免费的嘛，据说功能全面也很权威
好像不多, 而且跑的都不是有溶剂体系
: ，但是好像说计算时只能将分子作为一个整体来运算，那自然要限制它的运用了。
: modeller是不是就是Insight II里面的那个Homology module呀？
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:35:01 星期天), 转信
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lj.modeller是另一个东东。与insight II不一样。被shame了吧？
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
见过（没看过）不少用Tinker发的paper，因为毕竟是免费的嘛，据说功能全面也很权威
，但是好像说计算时只能将分子作为一个整体来运算，那自然要限制它的运用了。
modeller是不是就是Insight II里面的那个Homology module呀？
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 这些我好像都没用过, 只知道Modeller是同源模建最好的软件, Tinker是一个分子动力学
: 软件, 不过用的也不太广泛.
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:40:32 星期天), 转信
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呵呵，我只知道一个事实，就是modeller已经被嵌入了Insight II的图形界面下了，我这
里说的不是Unix版的modeller
【 在 lylover (石之轩) 的大作中提到: 】
: lj.modeller是另一个东东。与insight II不一样。被shame了吧？
: 见过（没看过）不少用Tinker发的paper，因为毕竟是免费的嘛，据说功能全面也很权威
: ，但是好像说计算时只能将分子作为一个整体来运算，那自然要限制它的运用了。
: modeller是不是就是Insight II里面的那个Homology module呀？
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作者 llhx (快乐懒汉), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:41:30 星期天), 转信
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【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 见过（没看过）不少用Tinker发的paper，因为毕竟是免费的嘛，据说功能全面也很权威
: ，但是好像说计算时只能将分子作为一个整体来运算，那自然要限制它的运用了。
: modeller是不是就是Insight II里面的那个Homology module呀？
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InsightII is InsightII 软件的图形操作平台。几乎所有的应用模块均需依托于InsightII
I来实现其操作。个别程序如Discover,Modeler,Delphi&CHARMm等可以不在insightII
环境下运行，但初学者不容易掌握，最好还是先在InsightII下熟悉。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:44:30 星期天), 转信
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看了看说明，觉得还是蛮强的，而且发展出了自己的力场有没有amber那么权威就不知道
了
The TINKER molecular modeling software is a complete and general package fo
r molecular mechanics and dynamics, with some special features for biopolyme
rs. TINKER has the ability to use any of several common parameter sets, such
as Amber (ff94, ff96, ff98 and ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger MM (MM2-
1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA and OPLS-AA/L). Parameter sets fo
r other standard force fields such as UFF, ENCAD and MM4 are under considera
tion. In addition, we are actively developing our own AMOEBA force field bas
ed upon polarizable atomic multipole electrostatics.
The TINKER package includes a variety of novel algorithms such as a new dist
ance geometry metrization method that has greater speed and better sampling
than standard methods, Elber's reaction path methods, several of our Potenti
al Smoothing and Search (PSS) methods for global optimization, an efficient
potential surface scanning procedure, a flexible implementation of atomic mu
ltipole-based electrostatics with explicit dipole polarizability, a selectio
n of continuum solvation treatments including several variants of the genera
lized Born (GB/SA) model, an efficient truncated Newton (TNCG) local optimiz
er, surface areas and volumes with derivatives, a simple free energy perturb
ation facility, normal mode analysis, minimization in Cartesian, torsional o
r rigid body space, velocity Verlet stochastic dynamics, an improved spheric
al energy cutoff method, Particle Mesh Ewald summation for partial charges a
nd regular Ewald for polarizable multipoles, a novel reaction field treatmen
t of long range electrostatics, and more....
We have essentially completed work much of the AMOEBA polarizable multipole
force field. The AMOEBA water model is part of the present distribution. Ad
ditional ion and small molecule parameters, as well as a full peptide and pr
otein set, will be made available on this site in due course. We are already
planning for improvements and new features in the next releases of TINKER a
nd Force Field Explorer.
【 在 lazy (draughts) 的大作中提到: 】
: 好像不多, 而且跑的都不是有溶剂体系
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作者 photofox (cb), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:44:41 星期天), 转信
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【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 基本都是和结构与分子建模相关的，这个方面基本没什么认识，有碰过的朋友就随便聊两
: 句，心得感想，更欢迎推荐一些比较浅显基础的文献，呵呵。决不涉及PJ问题，这些基本
: 都是commercial software，请列位看官不要向发文的朋友提出不太合理的要求，其实多
: 数在主页上都有试用版，足够了。
: Materials Studio， ChemOffic， Hyperchem， BioMedCAChe， Tinker，
: Modeller， DS Modeling， Gaussian。。。
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:45:29 星期天), 转信
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偶明白一点了，呵呵，多谢出手一同shame某人。
【 在 llhx (快乐懒汉) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: InsightII is InsightII 软件的图形操作平台。几乎所有的应用模块均需依托于InsightII
: I来实现其操作。个别程序如Discover,Modeler,Delphi&CHARMm等可以不在insightII
: 环境下运行，但初学者不容易掌握，最好还是先在InsightII下熟悉。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日22:48:08 星期天), 转信
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他自己的力场没怎么看见有人用的. tinker用主要是用GB/SA方法做隐式溶剂力场的模拟
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 看了看说明，觉得还是蛮强的，而且发展出了自己的力场有没有amber那么权威就不知道
: 了
: The TINKER molecular modeling software is a complete and general package fo
: r molecular mechanics and dynamics, with some special features for biopolyme
: rs. TINKER has the ability to use any of several common parameter sets, such
: as Amber (ff94, ff96, ff98 and ff99), CHARMM (19 and 27), Allinger MM (MM2-
: 1991 and MM3-2000), OPLS (OPLS-UA, OPLS-AA and OPLS-AA/L). Parameter sets fo
: r other standard force fields such as UFF, ENCAD and MM4 are under considera
: tion. In addition, we are actively developing our own AMOEBA force field bas
: ed upon polarizable atomic multipole electrostatics.
: ...........................
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日23:21:41 星期天) , 站内信件
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Materials Studio，作材料还行，做生命科学缺力场
ChemOffic Hyperchem，玩具
BioMedCAChe Tinker，没用过
Modeller 反正现在三维模剑都用它，几次CASP评比的结果也不错
DS Modeling 不成熟，而且不适合作科研；应该没有什么前途。
Gaussian 博大精深，可惜没有几个人能用起来；特别是03版，适合做科研
为什么没有ICM，在CASP上卡看起来也不错
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 基本都是和结构与分子建模相关的，这个方面基本没什么认识，有碰过的朋友就随便聊两
: 句，心得感想，更欢迎推荐一些比较浅显基础的文献，呵呵。决不涉及PJ问题，这些基本
: 都是commercial software，请列位看官不要向发文的朋友提出不太合理的要求，其实多
: 数在主页上都有试用版，足够了。
: Materials Studio， ChemOffic， Hyperchem， BioMedCAChe， Tinker，
: Modeller， DS Modeling， Gaussian。。。
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作者 lazy (draughts), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日23:25:34 星期天), 转信
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【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: Materials Studio，作材料还行，做生命科学缺力场
: ChemOffic Hyperchem，玩具
: BioMedCAChe Tinker，没用过
: Modeller 反正现在三维模剑都用它，几次CASP评比的结果也不错
: DS Modeling 不成熟，而且不适合作科研；应该没有什么前途。
: Gaussian 博大精深，可惜没有几个人能用起来；特别是03版，适合做科研
好像还很贵
: 为什么没有ICM，在CASP上卡看起来也不错
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日23:26:26 星期天) , 站内信件
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modeler和modeller不一样，呵呵；
modeler是Accelrys的
modeller是sali的
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
: 偶明白一点了，呵呵，多谢出手一同shame某人。
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作者 kokolu (岁月如歌), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月05日23:47:19 星期天), 转信
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啊？
我记得某人说过insightII里面的那个就是modeller啊
不过整合版本比从他网址上down的单独的modeller版本要低。
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: modeler和modeller不一样，呵呵；
: modeler是Accelrys的
: modeller是sali的
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月06日00:07:46 星期一), 转信
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【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: Materials Studio，作材料还行，做生命科学缺力场
: ChemOffic Hyperchem，玩具
~~~~~~~~faint,第一次听人这么评论。。。
: BioMedCAChe Tinker，没用过
: Modeller 反正现在三维模剑都用它，几次CASP评比的结果也不错
: DS Modeling 不成熟，而且不适合作科研；应该没有什么前途。
: Gaussian 博大精深，可惜没有几个人能用起来；特别是03版，适合做科研
: 为什么没有ICM，在CASP上卡看起来也不错
~~~~~~偶心虚，不敢提：）
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作者 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月06日00:46:49 星期一), 转信
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A.O...我看到书上说 Modeller is the independent version of Modeler。
不知道到底怎么回事，反正好像乱写乱叫的很多，但是书上说由Rockefeller
University 的Dr. Andrej Sali设计的Modeller已经整合到InsightII、QUANTA，WebLab
等图形界面以下了。是不是意味着modeller和modeler在Insight II中都存在呢？搞不懂
了。。。
【 在 newjun (闲) 的大作中提到: 】
: modeler和modeller不一样，呵呵；
: modeler是Accelrys的
: modeller是sali的
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作者 newjun (闲), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月06日01:42:44 星期一) , 站内信件
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sali实验室和Accelrys的协议，
sali发布科研版本MODELLER
Accelrys发布商业版本MODELER
到各自网站上看一下就有区别了。
【 在 kokolu (岁月如歌) 的大作中提到: 】
: 啊？
: 我记得某人说过insightII里面的那个就是modeller啊
价格是完全不一样的，而且insightII是由图形界面的
单独的没有，是命令行方式的
: 不过整合版本比从他网址上down的单独的modeller版本要低。
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作者 lylover (石之轩), 信区: Bioinformatics
标题 Re: 请哪位稍微给评价比较一下这么几个软件
时间 北大未名站 (2003年10月06日02:35:49 星期一), 转信
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sigh...你要是shame我，那我真是高兴了。呵呵
【 在 Feynman (早知道等下辈子再做帅哥了) 的大作中提到: 】
偶明白一点了，呵呵，多谢出手一同shame某人。
【 在 llhx (快乐懒汉) 的大作中提到: 】
: ~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~~
: InsightII is InsightII 软件的图形操作平台。几乎所有的应用模块均需依托于InsightII
: I来实现其操作。个别程序如Discover,Modeler,Delphi&CHARMm等可以不在insightII
: 环境下运行，但初学者不容易掌握，最好还是先在InsightII下熟悉。
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2004/9/23 2:05:00
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